CV


Diplômes et formation initiale

2016 Doctorat en Modèles, Méthodes et Algorithmes en Biologie, Santé et Environnement, Université Grenoble-Alpes, Grenoble, Mention du jury: “exceptionnel”.
2011 Master Écologie, Biodiversité, Évolution, Université Pierre et Marie Curie, Paris, Mention TB.

Parcours “Écologie Évolutive”.
2008 Licence de Biologie, École Normale Supérieure d’Ulm, Paris.


Expérience de recherche

Depuis Jan. 2018 Post-doctorat, Centre d’Écologie Fonctionnelle et Évolutive, CNRS, Montpellier, France.

Encadrant: Luis-Miguel Chevin

Adaptation avec fluctuation de la sélection : approches génomiques et phénotypiques en populations naturelles.

2017-2019 Consultant scientifique à distance, Centre d’Investigation Clinique, CHU, Nancy, France.

Consultant scientifique pour Dr. Nicolas Girerd sur l’étude par génétique quantitative de la cohorte STANISLAS.
Sep. 2016 – Avril 2018 Post-doctorat, 16 mois, University of Auckland, Auckland, New Zealand.

Encadrants: Anna Santure et Patricia Brekke.

Prédire le potentiel adaptatif d’une espèce menacée néo-zélandaise, le hihi (Notiomystis cincta) à l’aide d’outils de la génomique et de la génétique quantitative.

Mars – Juil. 2016 Post-doctorat, 5 mois, Laboratoire d’Écologie Alpine, Université Grenoble – Alpes, Grenoble, France.

Encadrant: François Pompanon.

Patrons adaptatifs génétiques et épigénétique chez deux espèces domestiquées: le mouton (Ovis aries) et la chèvre (Capra hircus).

Jan. 2012 –

Jan. 2016

Thèse de doctorat, Laboratoire d’Écologie Alpine (LECA), Université Joseph Fourrier, Grenoble, France.

Directeurs : Oscar Gaggiotti et Irène Till-Bottraud.

Méthodes pour l’étude de l’adaptation locale et application au contexte de l’adaptation aux conditions d’altitude chez la plante alpine Arabis alpina.

Jan. – Déc. 2011 Stage de recherche, 11 mois, Laboratoire de biométrie et biologie évolutive (LBBE), Université Claude Bernard, Lyon, France.

Encadrant : Blandine Doligez et Olivier Gimenez.

Modèles et méthodes pour l’estimation de l’héritabilité des traits binaires en populations naturelles : une étude par simulation et une étude de cas sur l’âge à première reproduction chez le gobe-mouche à collier (Ficedula albicollis).

Jan. – Juin 2010 Stage de recherche, 5 mois, Simon Blomberg’s Lab, University of Queensland, Brisbane, Australia.

Encadrant : Simon Blomberg.

Approches bayésiennes pour l’intrégration de l’incertitude phylogénétique dans les analyses comparatives.

Août – Déc. 2010 Stage de recherche, 5 mois, Groupe de recherche sur l’Écologie et le Comportement Animal (GRECA), Université du Québec à Montréal (UQÀM), Montréal, Canada.

Encadrant : Luc-Alain Giraldeau.

Étude de la personnalité animale dans le contexte de la sélection sexuelle et des stratégies d’approvisionnement.

Fév. – Juin 2009 Stage de recherche, 4 mois, David Reznick’s Lab, University of California – Riverside, Riverside, California (U.S.A.).

Encadrant : Andrés Lopèz-Sepulcre.

Réponse fonctionnelle de prédation avec compétition intra- et inter-spécifique.

Juin – Juil. 2008 Stage de recherche, 2 mois, Laboratoire Écologie, Systématique, Évolution (ESE), Université Paris-Sud, Orsay, France.

Encadrant : Jean-Michel Guillon.

Évolution de la dispersion et du sex-ratio dans un environnement spatialement et temporellement variable.

Compétences


Scientifiques

Biologie
    • Biologie évolutive
    • Génétique quantitative
    • Génomique des populations
    • Écologie
    • Analyses comparatives phylogénétiques
Mathématiques
    • Probabilités
    • Algèbre linéaire
    • Analyse


Statistiques / Informatiques

Statistiques
    • Statistiques bayésiennes
    • Modèles linéaires mixtes généralisés (GLMM)
    • Génétique statistique
Bioinformatique et traitement de données
    • R, Awk, BASH Shell
    • SAMtools, FASTQC, BWA, FreeBayes,Blast, Stacks, Gowinda, simuPOP
    • C/C++, Python, Matlab
Systèmes
GNU/Linux, MacOS X, Windows
Bureautique
LATEX, HTML, LibreOffice/Office


Langues

Français
Langue maternelle
Anglais
Courant

Développement de logiciels

2015 BayeScEnv, , Logiciel pour détecter des locus du génome sous sélection.

https://github.com/devillemereuil/bayescenv/
2016 QGglmm, , Paquet R pour calculer les paramètres de génétique quantitative suite à des inférences par GLMM.

https://github.com/devillemereuil/qgglmm/


Communications scientifiques


Oral

Février 2019 Symposium, SMBE Satellite Meeting, Vienne, Autriche.

Studying local adaptation from genomic data in the halotolerant micro-algae Dunaliella salina.
Août 2018 Symposium, Evolution 2018, Montpellier, France.

Suitable is not optimal: evaluating the adaptive potential and evolutionary optima of a threatened bird species (the hihi, Notiomystis cincta) using pedigree-based and molecular data.
Juin 2018 Séminaire invité, Équipe AGAP, CIRAD, Montpellier.

Quantitative genetics methods depending on the nature of the phenotypic trait.
Février 2018 Symposium, Arabis alpina symposium, Cologne, Allemagne.

Patterns of phenotypic plasticity and local adaptation in the wide elevation range of the alpine plant Arabis alpina.
Octobre 2016 Colloque, SFÉcologie 2016, Marseilles, France.

Local adaptation along an elevation-related resource gradient in the alpine plant Arabis alpina. (Présentation donnée par Irène Till-Bottraud suite à des problèmes logistiques pour participer au colloque).
Avril 2015 Séminaire invité, Lab seminar, Édimbourg, Royaume-Uni.

A brief check-up on the genome scan methods to detect local adaptation.
Août 2014 Colloque, Petit Pois Déridé, Orsay, France.

BayeScEnv: A new
F1#1-based method to uncover local adaptation using environmental variable.
Avril 2014 Séminaire invité, Behaviour and Evolution seminar, Bielefeld, Allemagne.

A brief check-up on the genome scan methods to detect local adaptation.
Juin 2013 Colloque, Software and Statistical Methods for Population Genetics, Aussois, France.

Genome scan methods against more complex models: when and how much should we trust them?
Août 2012 Colloque, Petit Pois Déridé, Avignon, France.

Heritability of Gaussian and binary traits : a simulation study of estimation methods.


Poster

Août 2017 Symposium, Detecting the Genomic Signal of Polygenic Adaptation and the
Role of Epistasis in Evolution
,
Zürich, Switzerland.

Common gardens and population genomics to detect adaptive loci on non-model species: Concepts and example on Arabis alpina.
Août 2017 Colloque, ESEB 2017, Gröningen, Netherlands.

Adaptive potential and laying date in a threatened bird: the hihi.
Août 2015 Colloque, ESEB 2015, Lausanne, Switzerland.

BayeScEnv: a new FST-based method to uncover local adaptation using environmental variables.
Mai 2015 SMBE satellite meeting, Investigating biological adaptation with NGS: data and models, Montpellier, France.

BayeScEnv: a new FST-based method to uncover local adaptation using environmental variables.


Expérience d’enseignement

Formation à l’enseignement durant mon label de thèse “Enseignement Supérieur et Recherche” comprenant
128 heures d’enseignements et 20 jours de formation professionnelle et pédagogique. Les temps indiqués ci-dessous sont les temps réels par groupe et par année.

Cours + TD
Introduction à la Génétique Quantitative (3 h + 3 h)
Master 1
Cours
Biostatistiques (21 h)
Licence 3
Cours
Génétique quantitative, adaptation locale et divergence entre populations (1,5 h)
Master 2
Cours
Scans génomiques pour détecter la sélection (1,5 h)
Master 2
TD
Biodiversité (4.5 h)
Licence 3
TP
Anatomie végétale (28 h)
Licence 1
TD
Tutorat pour l’utilisation de R (12 h)
Master 1
Formations
Organisation des “ateliers R” au sein du laboratoire de thèse
Formations
Formation à l’utilisation de R pour les statistiques à l’université d’Auckland
Formation
Formation à la génétique quantitative et au modèle animal (Centre d’Investigation Clinique, CHU, Nancy, France)
2 jours de formation
Tutoriel
Estimation de l’héritabilité à l’aide du modèle animal

L’utilisation du paquet R MCMCglmm


Encadrement, animation et administratif

Thèse
Co-encadrant d’une doctorante, Priscilla Saloum, à l’université d’Auckland.
D.U.
Encadrement d’un stage de diplôme universitaire d’un an (Médéric Mouterde).
Master
3 projets de M1 encadrés (Médéric Mouterde, Quentin Rousseau, Perrine Augrit).
Licence
Undergraduate canadienne en stage pour 2 mois (Sofia Karabatsos) et étudiant de L2 en stage pour 5 mois (Aymeric Pilleux).
Comité de thèse
Membre du comité de thèse de Laura Gervais (CEFS, Toulouse), sur l’invitation d’Erwan Quéméré, Mark Hewisson et Benoît Pujol.
Administratif
Membre du bureau de la société des post-doctorants de la Faculty of Science (University of Auckland).


Activités de communication, de médiation et de sensibilisation

Octobre 2018
Speed dating” scientifique avec des lycéens lors de la Fête de la Science au CNRS.
Août 2018
Séance “bavardages évolutifs” lors du congrès Evolution 2018 à Montpellier.
Décembre 2017
Séance “Ask Me Anything” sur la biologie évolutive au sein de la communauté francophone du média social Reddit.
Mars 2017
Présentation de mes travaux de recherche à la réunion du groupe de conservation du hihi composé de scientifiques, gérants et bénévoles des réserves concernées.
Étés 2012-2015
Explications de notre expérience de jardin commun sur Arabis alpina durant plusieurs visites guidées du jardin botanique alpin Joseph Fourier.
Août 2015
Événement “Question of the Day” durant le congrès international de l’ESEB (Lausanne).


Autres responsabilités collectives

Août 2018
Revue d’un financement de projet “Initiation into Research” pour le Fond National pour le Développement Scientifique et Technologique (FONDECYT) chilien.
Depuis 2016
Assemblage de logiciels scientifiques (bioinformatique) et de bibliothèques R pour la distribution GNU/Linux openSUSE.