Anciens projets

2018-2020: Sélection fluctuante

J’ai travaillé avec Luis-Miguel Chevin sur son projet ERC sur l’évolution en environnement fluctuant, c’est-à-dire l’évolution dans un contexte de sélection spatio-temporellement fluctuante. J’étais en charge de deux différents projets.

Génomique des populations sur Dunaliella sanila

Durant le projet, des échantillons de la micro-algue halophile Dunaliella salina ont été récoltés dans la population naturelle des salins d’Aigues Mortes, le long d’un gradient de salinité. J’ai utilisé du séquençage de génome complet groupé pour analyser les génomes de ces populations et:

  • Étudier les aspects démographiques et génétiques (flux de gène, diversité, etc.) de ces populations, et
  • Examiner les régions du génome qui pourraient être impliquées dans l’adaptation à la salinité.
Méta-analyse de la sélection fluctuante en population naturelle

Nous avons mis en place une coopération avec un grand nombre de chercheuses et chercherus pour rassembler une petite quarantaine de jeux de données sur des populations naturelles. Ces jeux de données portent sur des suivis d’un grand nombre d’années (généralement plus de dix) avec des informations sur la phénologie (date de ponte ou de mise bas) et la valeur sélective individuelle des femelles. Le but était:

  • de voir s’il est possible d’attribuer des variations temporelles de la sélection aux mouvements d’un phénotype optimal chaque année (comme supposé dans les modèles mais rarement estimé directement), et,
  • estimer la variance et l’auto-corrélation temporelle de cet optimum lorsqu’il existe.

2016-2018: Prédire le potentiel adaptatif du hihi

Male HIhi
Male Hihi

En collaboration avec Anna Santure et Patricia Brekke, j’ai on travaillé sur un oiseau endémique de Nouvelle-Zélande, le hihi (Notiomystis cincta).

Le hihi était autrefois répandu sur tout l’Île du Nord, mais se trouve maintenant confiné à petite île (Little Barreer island ou Hauturu-o-Toi). Cette population a servi de base à sa réintroduction dans plusieurs réserves dont l’île de Tiritiri Matangi.

Le but de ce projet était d’utiliser un pédigrée de la population et du génotypage haut-débit sur la population de Tiritiri Matangi pour évaluer les contraintes évolutives pesant sur la population, ainsi que son potentiel adaptif, notamment vis-à-vis des changements climatiques.

2012-2016: Projet de thèse

Arabis alpina
Arabis alpina (French Alps)

Directeurs: Oscar E. Gaggiotti & Irène Till-Bottraud

Mon projet de thèse portait sur l’étude de l’adaptation locale, notamment chez la plante alpine Arabis alpina. Le but était de trouver des signaux d’adaptation locale dans les populations naturelles le long d’un gradient altitudinal et d’étuder l’architecture génétique des traits phénotypiques impliqués. J’ai aussi beaucoup travaillé sur des développements méthodologiques sur certains outils pour étudier l’adaptation locale (cribles génomiques de sélection, jardins communs, etc…).

Travaux plus anciens

Mes travaux précédents incluent mes travaux méthodologiques sur (i) les méthodes d’analyse phylogénétique comparative pour prendre en compte l’incertitude phylogénétique et (ii) la comparaison des méthodes pour estimer l’heritabilité en fonction de la nature des traits phénotypiques (Gaussien ou binaire) et de la nature des effets de confusion.

En ce qui concerne ces derniers travaux, j’ai publié un tutoriel sur l’estimation de l’héritabilité, en utilisant le paquet MCMCglmm (version −non mise à jour− en français disponible sur demande).