Structure de population et jardins communs ! (et un projet de thèse ?)
Les expériences de jardin commun sont très utiles pour l’étude des bases génétiques de l’adaptation locale, parce qu’elles permettent de comparer des individus de populations d’origines différentes dans des conditions environnementales similaires. Ceci permet d’outrepasser l’effet de confusion de la plasticité phénotypique en conditions naturelles qui interdit les comparaisons directes d’un point de vue génétique.
Une méthode fréquente pour tester la présence d’adaptation locale dans un système, en utilisant les données de ces expériences de jardin commun consiste à comparer la QST (un indice de différenciation basé sur la décomposition de la variance dans les données phénotypiques observées) et la FST (un indice de différenciation basé sur les fréquences alléliques neutres, p. ex. venant de données moléculaires). Depuis l’invention de cette méthode, les comparaisons QST-FST sont devenues un outil majeur pour tester et étudier l’adaptation locale.
Avec Oscar Gaggiotti et Jérôme Goudet, nous avons exploré les conséquences de la structure de population sur les inférences de la QST et sa comparaison avec la FST dans un mini-revue pour Journal of Ecology. Nous expliquons les hypothèses derrière leur calcul et montrons que la structure de population peut avoir un fort impact sur le taux d’erreur des comparaisons QST-FST. Nous détailloons deux solutions partielles : l’une d’Ovaskainen et al. (2011) et l’autre de Josephs et al. (2017).
À tout étudiant à la recherche d’un projet de thèse : nous (Jérôme, Oscar et moi-même) voudrions pousser plus loin l’étude de l’impact de la structure de population sur l’estimation des QST et FST, et développer des outils méthodologiques plus robustes à ces impacts. Ce projet s’inscrirait parfaitement dans le cadre d’une thèse, supervisée par nous trois. Le candidat devrait idéalement avoir un intérêt pour la génétique quantitative, la génétique des populations et/ou l’inférence statistique. Étant donné nos trois localisations (moi à Paris, Jérôme à Lausanne et Oscar à St-Andrews), le projet permettrait aussi de découvrir une diversité de contextes académiques et nationaux !
