Nouvelle version du tutoriel sur l’héritabilité et MCMCglmm
Faire de la génétique quantitative, c’est dur. Bon, c’est pas la fin du monde, mais quand même : il faut comprendre ce qu’on fait, quels en sont les limites, se souvenir des différents facteurs qui peuvent biaiser son analyse… Tout ça en manipulant des modèles assez complexes, comme le modèle animal. Ah, et (pourquoi pas ?), on pourrait rajouter : faire des statistiques bayésiennes pour la première fois de sa vie.
C’est pour ça que j’avais décidé, il y a un boooon moment (presque 10 ans, dur…) d’écrire un petit tuto sur l’héritabilité, le modèle animal et les statistiques bayésiennes, expliquant comment utiliser le paquet R MCMCglmm pour faire tout ça. L’idée était de rendre toute cette entreprise un peu moins intimidante, et de détailler les soucis qu’on pouvait rencontrer tout en expliquer comment prendre en main ces modèles complexes.
Ça en pas forcément l’air, mais en 10 ans, il s’est passé pas mal de choses du point de vue de la génétique quantitative, et aussi dans ma tête. J’ai donc décidé qu’il était peut-être temps de mettre à jour ce tutoriel, de le rendre plus agréable à lire, de dégager les quelques trucs avec lesquels je n’étais plus d’accord et d’ajouter tout un tas de choses :
- Plus d’explications théoriques sur le modèle animal généralisé (pour les traits non-Gaussiens) et des tutos sur quelques-uns de ces traits (binaires et Poisson, en gros), en utilisant mon paquet R QGglmm.
- Plus d’explications théoriques et de tutos sur les modèles multi-traits, y compris avec des traits non-Gaussiens.
- Des explications et des tutos sur la gestion des effets fixes et comment inclure leur variance dans la variance phénotypique (y compris pour les traits non-Gaussiens)
- Quelques autres trucs qui doivent sûrement m’échapper en ce moment…
Ce nouveau tutoriel est largement basé sur le jeu de données « phénix » que j’avais créé pour cet article, ce qui devrait permettre d’ancrer les exemples dans quelque chose de plus concret (si tant est que vous croyez à l’existence des phénix).
J’espère que cette nouvelle version du tuto vous plaira, n’hésitez pas à me dire si vous y voyez quelque chose de faux (ou de super cool) !
